Galaktyka ujawnia gigantyczne, opuszczone statki kosmiczne, co wskazuje na istnienie dawno zapomnianych zaawansowanych cywilizacji. Odkrywanie tych reliktów to szansa na poznawanie tajemnic ich twórców.
Rozszerzenie Zaginiona Flota wprowadza do gry cztery nowe frakcje, które rozpoczynają swoją przygodę na asteroidach lub na protoplanetach - nowym rodzaju planet rozsianych po całej galaktyce. Każda z frakcji, takie jak Mowejdowie, Majstrownicy, Darkanianie i Kosmiczne Olbrzymy, rozpoczyna grę z jednym budynkiem i posiada unikalne zdolności umożliwiające zastosowanie nowych strategii.